Olá Joelma, 

Eu fui para o Atacama  em Abril e pelo o que tenho lido nos comentários o clima é muito parecido com Setembro, sendo assim, escolheu uma ótima época! Não tive problema nenhum, nem muito calor e nem muito frio! Exceto no passeio para ver as estrelas, caso vá fazer esse passeio, sério se prepare! Com luvas e tudo mais, é muito frio!

Fomos em 4 pessoas e nós alugamos um carro em Calama acaba saindo mais barato e você tem uma super flexibilidade nos passeio, li o comentário sobre segurança, para nós foi super tranquilo e nem sequer escutamos falar de algo parecido (minha experiência). Apenas indico que pegue grupo para ir até o Geisers, não é muito recomendável ir de carro até lá, devido a estrada!

Recomendo fortemente avaliar a possibilidade de fazer a travessia do Salar de Uyuni, que algo incrível!

Se quiser ler um pouco mais sobre esses assuntos, conto aqui no meu blog o relato das duas experências.

Travessia do Salar de Uyuni

Atacama em 5 dias