Olá, Nélli!

Acredito que maio é um bom mês por causa das temperaturas amenas e pouca chuva, fora que os pontos turísticos não ficam tao cheios e a paisagem fica bem verde, é muito bonito. Só não recomendo início de maio/final de abril por conta da Golde Week, que é um feriado que causa muita movimentação no Japão. Em maio não tem mais as cerejeiras, mas é o mês das rosas, wisterias e musgo rosa, o que vale muito a pena, é muito bonito.

Quanto ao roteiro, de acordo com seu perfil, sua base seria em Tokyo, que tem tudo o que você quer. Faria viagens de 1 dia para Nikko (onde tem templos lindos, muita natureza), Monte Fuji (para ver o musgo rosa e as Wisterias), Kamakura (muitos templos budistas e um Buda gigante).

Em Tóquio , não deixe de visitar o Parque Ueno , que oferece zoológico, museus e templos, vale muito a visita.

Também recomendo ir para Quioto e de lá ir para Nara , Hiroshima e Miyajima Island . São lugares com muita cultura e história, vale muito a pena! Se puder, visite também o Castelo de Himeji.

Em Quioto você pode participar de algumas excursões que você compra bem na saída da Estação de Kyoto. Já em Nara, tem templos enormes e muito bonitos, o Buda de Ouro e museus. Hiroshima vale a pena pela história do lugar e você pode pegar o ônibus turístico que roda a cidade em frente à Estação de Hiroshima, é um ônibus vermelho. Miyajima é uma ilha que fica próxima a Hiroshima, acho bem interessante pela culinária, templos, vistas e um Torii (portal) bem famoso que fica na água.

Para facilitar e economizar na viagem, existe o JR Pass de 14 dias, ele é válido para todos os trens da linha JR, ele é muito útil se você for para muitas cidades, ainda mais se pegar o shinkansen (trem-bala). Caso fique só em Tokyo ou se for no máximo para Quioto, o JR Pass não valeria tanto a pena. O JR Pass você compra quando está no Brasil, quando você chegar no Japão, você pode retirá-lo e ativá-lo no aeroporto. É bem prático.

Boa viagem!