O que fazer em Lima e Cusco por 13 dias além de Machu Picchu e O Vale Sagrado?

Cara, 13 dias no Peru da pra fazer muita coisa!
Eu fiz um mochilão de 15 dias, comecei em Lima e terminei em La Paz na Bolívia.

A cidade de Lima, tem o centro histórico, alguns museus, parques e o famoso bairro de Miraflores, que pelo visto só é famoso por ser o único bonito de Lima.
Tambem fui a Ica, uma cidade que fica a umas 3h, de ônibus, da cidade de Lima.. Lá tem o óasis de Huacachina que tem um belissimo pôr do sol, visto das dunas do deserto...
Agora se você tiver mais tempo, e puder fazer o passeio ao Canon los perdidos (e um lugar não tão turistico) mas dizem que é bem diferente.

Em Cusco, além do Vale Sagrado (Ollantaytambo, Pisac e Chinchero) e Machu Pichu, você vai encontrar vários outros sítios arqueologicos e pequenos povoados ao redor da cidade. 
Eu vi alguns passeios bem radicais e diferentes do padrão turistico, envolvendo ciclismo basicamente. 
A vida noturna na cidade é bem parada, mas dependendo do local que vai se hospedar.. tem uma galera sempre animada. 
Puno está a algunas horas, eu achei um grande teatro para esperar turista, mas é interessante conhecer as ilhas feitas de totora. E claro que a navegação no Lago titica é um espetaculo a parte.

Lago Titicaca merece uma visita, se você tem 13 dias disponíveis no Peru. Pegue a rota do sol de Cuzco até Puno,e depois conheça as ilhas do Lago, como Uros, Taquile e Amantani. Você pode se hospedar em uma das ilhas por uma noite, na casa de uma família local, mas o preço é um pouco salgado.

Caso tenha vontade, também pode ir de Puno até Copacabana (Bolívia), e conhecer o lado Boliviano do lago (Isla del Sol).

O tour que fiz de 1 dia no Vale Sagrado passou por Pisac (gostei bastante das ruínas, vale a visita!), Urubamba para almoçarmos, e terminou em Ollantaytambo (de lá fui pra Águas Calientes), mas depende bastante da agência que escolher, pois outras passam por Chincero, Moray e Salinas.

Olá Alexandre, eu passei quase um mês no Peru e confesso que só os lugares do Vale Sagrado já lhe toma um tempo. Pisac, Ollantaytambo e Moray valem muito a pena conhecer. Os museus em Cusco são maravilhosos e se conseguir, realmente vale muito  fazer o passeio no lago Titicaca. Também tem a opção da montanha arco-íris, a altitude atrapalha um pouco, mas é absurdo de lindo. Bem pertinho do centro de Cusco tem Sacsayhuaman e o templo Qoricancha, vale muito a  pena conhecer também. Passear pelas ruas de Cusco e ir nos centros de artesanato é muito legal e a comida é barata! Espero ter ajudado!