Oi, Lisandra:

é bom se você puder dar uma olhada na internet, tem sites dos ferry-boats, com preços, horários, tipo de acomodação, não é difícil.

Mas, se preferir, em Atenas entramos aleatoriamente em uma agência de viagens, comparamos preços e achamos melhor comprar ali mesmo os tickets para Creta, onde pernoitamos e saímos no dia seguinte em direção a Santorini 
e Mykonos.

Para Creta, escolhemos um barco e acomodação tipo "poltrona avião" (cerca de 20 euros o trecho por pessoa), viagem durou a noite inteira, foi um tanto desconfortável. Não tem lugar marcado, na entrada é meio um corre-corre, as famílias vão procurando espaço para se acomodar juntas e se esparramam para dormir até no chão. TV ligada no som máximo, crianças chorando, pessoas falando alto. Eu não repetiria a experiência. Há opções para outros tipos de acomodação, mas é melhor se fizeres comparação de preços também com a alternativa cruzeiro.

Você pode pegar um trem para ir ao aeroporto e ao Porto de Pireus.

Boa sorte! Boas viagens!