Oi Andrea, tudo bom? A forma mais prática é você ir para Santiago e de lá seguir para o Atacama . Você pode ir de avião, voando de Santiago 
para Calama 

Também dá pra ir de ônibus, mas a viagem é longa.. dura cerca de 24 horas.

Eu recomendo ficar no mínimo 4 dias no Atacama, para fazer os principais passeios por lá.

De Santiago você pode ir para o litoral e conhecer Viña del Mar  e Valparaiso 

Também pode ir ao Vale nevado... mas tudo vai depender do tempo que você tem para essa viagem.

Eu tenho um blog de viagem com várias dicas de Santiago, Viña del Mar, Valparaíso e principalmente do Deserto do Atacama.

Um possibilidade legal é esticar a viagem do Atacama até o Salar de Uyuni, na Bolívia.

Para informações mais completas sobre o Atacama, dá uma olhada nesse post:

http://www.umviajante.com.br/chile/165-deserto-do-atacama-tudo-que-voce-precisa-saber-para-viajar-pelo-deserto

Para os outros posts sobre o Chile você pode acessar esse link:

http://www.umviajante.com.br/chile

Espero ter ajudado,

Abraços!!! :D