Karin, concordo com o Alex. Se não for ficar muitos dias na cidade, eu indicaria ficar mais na região central da Union Square , você terá acesso a transporte, comércio, restaurantes e estará perto de alguns pontos turísticos.

O ponto negativo é que se tiver de carro, você provavelmente vai ter que pagar um estacionamento, o que é bem caro na região (cerca de 20 a 30 USD/dia). Por ser uma região central, é meio complicado parar na rua, pois há muitas regras (ex: proibido estacionar na quarta-feira entre as 5AM e 7AM para limpeza da rua, etc).

Fiquei em 3 lugares diferentes na região:

HI San Francisco City Center : fica em um prédio, é praticamente um hotel. São vários andares, quartos com beliches e banheiro para cada quarto. Ambiente calmo, sem muita muvuca. A região tinha bastante mendigo, mas não tive problemas. 

Adelaide Hostel : quando fui era um pessoal mais jovem e ambiente descontraído. Fica localizado em uma região melhor. Organizam pub crawls, tem uma cozinha que o pessoal fica bebendo cerveja e conversando.

Post Hotel : fica do lado do Adelaide e é um hotel. Se tiver indo acompanhada e/ou queira ficar em quarto individual é uma boa opção. Quartos eram limpos, cama boa, porém não servem café da manhã. Do lado do hotel tem um restaurante Honey Honey Cafe   que serve cafés da manhã bem típicos e muito bons! Achei o custo benefício muito bom, comparado aos preços que pesquisei na época. 

Abs