Joaquim, realmente tem muita coisa para ver no Japão! Eu sugiro que você foque nas duas principais cidades, e faça passeios de um dia partindo delas pras cidades próximas.

Tokyo - De lá você pode visitar Yokohama, Nikko, Kamakura e Enoshima.

Osaka - De lá você pode visitar Kyoto (precisa de mais de um dia), Nara e Kobe. Você pode também ficar em Kyoto e partir de lá para visitar as outras cidades.

Boa viagem!